В программе "1С:Бухгалтерия 8" исчисление, удержание и уплата НДФЛ отражаются в следующем порядке:
- исчисляется НДФЛ с доходов, выплачиваемых физическим лицам, исчисленные суммы отражаются на счетах бухгалтерского учета;
- задолженность по исчисленному и удержанному НДФЛ переносится на счет 68.90 "Единый налоговый счет" для формирования совокупной налоговой обязанности;
- формируется платежное поручение на уплату единого налогового платежа (ЕНП), отражается списание денежных средств;
- ЕНП засчитывается в счет уплаты НДФЛ налоговым агентом.
1. Исчисление и отражение удержанных сумм НДФЛ на счетах бухгалтерского учета
Учет расчетов по выплате доходов физическим лицам, включая исчисление и удержание НДФЛ, может производиться в рабочей информационной базе "1С:Бухгалтерии 8" (раздел "Зарплата и кадры" – "Все начисления") (рис. 1) или во внешней программе. В последнем случае проводки загружаются в информационную базу из внешней программы, в которой ведется учет расчетов по заработной плате.

2. Перенос задолженности по исчисленному и удержанному НДФЛ на счет 68.90 "Единый налоговый счет"
Для переноса задолженности налогового агента по удержанному НДФЛ на счет 68.90 "Единый налоговый счет" для формирования совокупной налоговой обязанности (п. 5 ст. 11.3 НК РФ) используется документ "Уведомление об исчисленных суммах налогов" (уведомление подается, поскольку платежи должны быть перечислены в бюджет до представления налоговых расчетов).
При проведении документа формируются проводки по кредиту счета 68.90 в корреспонденции со счетом учета НДФЛ (68.01) и движения по регистру накопления "Расчеты по налогам на едином налоговом счете" с видом "Приход" (рис. 2).
Подробнее о формировании уведомления о сумме удержанного налога и переносе задолженности по НДФЛ на ЕНС см. здесь:

3. Перечисление ЕНП в бюджет
Подробный порядок подготовки платежных поручений на уплату единого налогового платежа (ЕНП) и отражения списания денежных средств при уплате ЕНП см. здесь.
При проведении документа "Списание с расчетного счета" наряду с проводками по дебету счета 68.90 и кредиту счета 51 формируются движения по регистру накопления "Расчеты по единому налоговому счету" с видом "Приход".
4. Зачет ЕНП в счет уплаты НДФЛ
Зачет ЕНП в счет уплаты налогов и взносов осуществляется автоматически при выполнении регламентной операции "Зачет аванса по единому налоговому счету" в составе обработки "Закрытие месяца" (подробнее об этом см. здесь).
При выполнении регламентной операции по регистрам накопления "Расчеты по единому налоговому счету" и "Расчеты по налогам на едином налоговом счете" выполняются движения с видом "Расход". Движения с видом "Приход" по этим регистрам были сформированы раньше при проведении документов "Уведомление об исчисленных суммах налогов" и "Списание с расчетного счета".
*Взято с сайта its.1c.ru